荧光显微镜根据衬度形成的机制，对散射吸收像可以有两种成像方式：
明场成像法（BFI）：选用单一透射束形成的衍射衬度像，亮背景上的暗图形像，像清晰。物镜光阑的孔越小，明场像的衬度越大。
暗场成像法（DFI）：选用单一衍射束形成的衍射衬度像，暗背景上的亮图形像，像有畸变。这种暗场成像法可以提高图像的衬度。
荧光显微镜滤色片的选用：
滤色片是荧光显微镜的关键部件, 在荧光显微镜中按其功能可分为激发滤色片和截止滤色片两类。激发滤色片的功能是从光源中分析出所需的特定光谱, 以激发标本产生荧光。截止滤色片的功能是仅把标本上发出的荧光透过成像, 而将其它光阻挡不参与成像, 一般激发滤色片安置在紧靠光源, 而截止滤色片在物镜与目镜之间。
目前使用较多的滤色片是色玻璃和干涉滤色片, 色玻璃大都属宽波带滤色片, 透过波段宽, 透过率随厚度而降低, 价格相对低廉。由于色玻璃与空气的界面上, 约有4% 光线被反射掉, 玻片愈多, 光能损失愈大, 限制了它的使用性能。干涉滤色片的出现, 可按需要制成能透过或截止一定波段的滤色片, 从而促使荧光显微术的进展, 现代技术上已能对某波段的透射率或反射率进行控制。
荧光显微镜根据结构组成部分可以分成两种不同类型的荧光显微镜：
透射式荧光显微镜，它和普通光学显微镜类似，光源是从镜座出发经过聚光镜到达样品激发荧光后通过物镜，最后到达目镜。
落射式荧光显微镜，也是最常见的荧光显微镜，它的光源是通过物镜落到样品上，激发荧光以后再发射回物镜，最后到达目镜。
透射式荧光显微镜和落射式荧光显微镜，它们的光源都要经过激发滤色镜过，滤掉一部分的可见光，但是它们的光源来源相反，透射式荧光显微镜光源来源于下方，而落射式荧光显微镜则是上方，具有分光镜的功能，可以观察透明和不透明的被检物体，突破透射式荧光显微镜的局限性，因此随着技术不断进步，落射式荧光显微镜逐渐替代落射式荧光显微镜。
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